短尾仓鼠体形短粗;四肢短小;吻短而具颊囊;耳形圆;尾基部粗大,尾端变细,整个尾呈明显的楔形,尾长略大于后足长。躯体背部毛基深灰色,占整个毛长的2/3以上,毛尖呈淡黄褐色或灰褐色,针毛间杂有纯黑色长毛,老年个体黄褐色明显,幼年个体灰色较显著,有些个体头背后方颜色较灰,而向后背黄褐色渐浓。腹部毛基灰色,毛尖白色,在体侧背、腹部毛色分界明显,呈波浪状。
额部与背部毛色相近。耳背面黑灰色,明显比背部毛色深暗,有些个体耳基具一簇白色毛。颈下、喉颊部、前肢内侧及四足腹面毛色纯白,胸部具浅黄褐色斑块。
四肢后背方毛色与背相同,但前肢背方色稍浅于体背或几呈白色,足掌裸露。尾毛两色,上部同背毛,但色稍浅,下部白色,尾基毛较长且蓬松,尾梢部近无毛,故尾呈圆锥形。臀部与背同色。无斑短尾仓鼠(A.curtatus)与短尾仓鼠的最大外观区别是胸部无深色斑,体背面黄灰色,比短尾仓鼠颜色浅。
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