基因差异火山图怎么看?

148 2024-03-16 01:34

一、基因差异火山图怎么看?

基因差异火山图看法如下:

火山图可反映总体基因的表达情况,横坐标代表log2(Fold Change),纵坐标表示-log10(P值),每个点代表一个基因,颜色用以区分基因是否差异表达,图中橙色的点代表差异表达基因,蓝色的点代表没有差异表达的基因。聚类图聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。

在聚类图中,横坐标代表样本聚类,一列代表一个样本,聚类基于样本间基因表达的相似性,样本间基因表达越接近,靠的越近,以此类推。

纵坐标代表基因聚类,一行代表一个基因,聚类基于基因在样本中表达的相似性,基因在样本中表达越接近,靠的越近,以此类推。

色阶代表基因表达丰度,越红代表上调得越明显,越绿代表下调得越明显。

火山图先关:

火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,因为在生物体发生变化时从全局角度而言大部分的基因表达没有或着发生了很小程度的变化,只有少部分基因的表达发生了显著的变化。故而,火山图常见于RNA表达谱和芯片的数据分析中,最常用于分析基因的差异表达,近年来也陆续有其他组学的应用,此处不做详述。

火山图的本质是一个Plus版的散点图,其中包含两个重要的概念:

1)显著性,也就是p-value,差异性检验两组样本的p值,以负对数-log10(P-value)转换做为纵坐标;

2)以log2(Fold Change)为横坐标,即可得火山图,利用一定的筛选条件(如Fold Change大于2倍,显著性P值小于0.05),即可筛选出显著差异表达的基因,进行后续研究。

如果大家用的是DEseq2分析RNA表达谱的数据,分析结果应该如下,其中

log2FoldChange是表达量的log2(Fold Change)值,padj列示矫正后的pvalue,这两列也就是我们画火山图需要的两列。

首先,我们把DEseq的输出格式转换成dataframe格式,用函数as.data.frame(),并用head查看其前6行,如下:

df <- as.data.frame(res)head(df)

接下来按照P<0.05, log2FoldChange > 2 或者log2FoldChange < -2进行下调和上调表达的颜色设置:

设定分组并赋值给变量color,我们把P<0.05, log2FoldChange > 2定义为上调,颜色设置为红色,把P<0.05, log2FoldChange < -2定义为下调,颜色设定为蓝色,其他既不上调也不下调的颜色设定为灰色,见代码如下:

df$color <- ifelse(df$padj < 0.05 & abs(df$log2FoldChange) >= 2,ifelse(df$log2FoldChange > 2 ,'red','blue'),'gray')

设定好分组,还需要给分组指定颜色:

r color<- c(red = "red", gray = "gray", blue ="blue")

绘图的完整代码在这里:

p <- ggplot(df, aes(log2FoldChange, -log10(padj), col = color)) +geom_point() +theme_bw() +scale_color_manual(values = color) +labs(x="log2 (fold change)",y="-log10 (q-value)") +geom_hline(yintercept = -log10(0.05), lty=4,col="grey",lwd=0.6) +geom_vline(xintercept = c(-2, 2), lty=4,col="grey",lwd=0.6) +theme(legend.position = "none",panel.grid=element_blank(),axis.title = element_text(size = 16),axis.text = element_text(size = 14))p

代码部分需要注意的亮点:

1)对qvalue做了一个log10的转换

2)画纵轴阈值线的时候做了-log10(0.05)

3)其他绘图参数和理念都是和绘制散点图是一样的

二、拉布拉多基因图

拉布拉多基因图: 揭开拉布拉多狗种遗传基因的秘密

拉布拉多犬是一种性格温和、智商高、适应能力强的犬种,深受人们的喜爱。然而,你是否知道,拉布拉多犬的犬种特征与其遗传基因有着密切关系呢?在这篇文章中,我们将一起揭开拉布拉多犬的遗传基因图,了解其背后的秘密。

1. 遗传基因对拉布拉多犬的外貌特征产生影响

拉布拉多犬以其短毛、结实的身体和温和的面部表情而闻名。这些外貌特征是由一系列基因决定的。一个重要的基因是毛色基因,它决定了拉布拉多犬的毛发颜色。根据研究,拉布拉多犬的毛色基因主要有黑色、巧克力色和黄色三种。

除了毛色基因外,毛质基因也对拉布拉多犬的外貌产生影响。拉布拉多犬的毛质主要有短毛和柔软的双层毛发。这些基因的组合决定了拉布拉多犬的外貌特征和舒适度。

2. 遗传基因对拉布拉多犬的性格特征产生影响

拉布拉多犬以其友善、温顺和聪明的性格而受人喜爱。这些性格特征与其遗传基因密切相关。研究表明,一些基因与犬只的社交行为、智商和适应能力有关。

例如,一个名为OXTR的基因与狗的社交行为有关。这个基因编码了催产素受体,在拉布拉多犬身上起到重要作用。研究发现,OXTR基因的变异会影响狗的社交互动行为,进而影响其友善和温顺的性格表现。

3. 遗传基因对拉布拉多犬的健康状况产生影响

拉布拉多犬是一种比较健康的犬种,但也存在一些遗传疾病。这些疾病往往与特定的基因突变有关。通过对拉布拉多犬的基因图进行研究,科学家们已经发现了一些与健康状况相关的基因。

例如,拉布拉多犬常见的遗传疾病之一是肥胖症。研究发现,一些基因突变会增加犬只对食物的摄入欲望,从而导致体重增加。了解这些基因突变可以帮助饲主采取相应的措施,控制拉布拉多犬的体重,保持其健康状况。

4. 拉布拉多基因图的研究对犬种改良和健康管理具有意义

通过对拉布拉多犬的基因图进行研究,我们可以更好地了解其犬种特征、性格特征和健康状况。这些研究结果对于犬种改良和健康管理具有重要意义。

首先,了解拉布拉多犬的基因图可以帮助培育出更具特色和品质优秀的犬只。例如,通过选择特定的基因组合,可以培育出更好看、更友善、更容易训练的拉布拉多犬。

其次,基因图研究还可以帮助饲主更好地管理拉布拉多犬的健康。通过了解犬只的遗传疾病风险,饲主可以采取预防措施,及早发现和治疗疾病,延长犬只的健康寿命。

结语

拉布拉多犬的遗传基因图为我们解开这个犬种的种种奥秘提供了重要线索。通过对基因图的研究,我们可以更深入地了解拉布拉多犬的外貌特征、性格特征和健康状况。这些研究结果不仅有助于犬种改良,提高拉布拉多犬的品质,也为饲主提供了更全面的健康管理手段。

三、拉布拉多颜色基因图

探索拉布拉多的颜色基因图鉴

探索拉布拉多的颜色基因图鉴

拉布拉多是一种受欢迎的家庭宠物,以其友善、聪明和忠诚而闻名。除了这些出色的品质之外,拉布拉多的颜色也是其魅力之一。拉布拉多的颜色由基因决定,不同的基因组合会导致不同的外观特征。通过了解拉布拉多的颜色基因图鉴,我们可以更好地理解和欣赏这些可爱的狗狗。

黑色基因与皮毛颜色

拉布拉多的黑色基因是决定其皮毛颜色的重要因素之一。黑色基因由表型基因和基因型基因组成。在拉布拉多中,主要有两种基因型:B基因和b基因。B基因是黑色基因的压制形式,而b基因则是不带压制的形式。

如果拉布拉多狗狗的基因中包含两个B基因,那么它将拥有纯黑的皮毛。而如果狗狗的基因中包含一个B基因和一个b基因,那么它将成为黑色的拉布拉多,并且可能具有一些其他的外观特征,如棕色眼睛或棕色的毛尖。

黄色基因与外貌特征

除了黑色基因,黄色基因也在拉布拉多的皮毛颜色中发挥着重要的作用。拉布拉多的黄色基因是由E基因和e基因组成的。E基因是黄色基因的压制形式,而e基因则是不带压制的形式。

如果拉布拉多狗狗的基因中包含两个E基因,那么它将具有黑色的皮毛,而不会显示出黄色基因。然而,如果狗狗的基因中包含一个E基因和一个e基因,那么它将成为黄色的拉布拉多。黄色拉布拉多的外貌特征可能会因基因的不同而有所变化,可能有浅黄色或深黄色的皮毛。

巧克力基因与个体差异

除了黑色和黄色基因外,拉布拉多还可以携带巧克力基因。巧克力基因由两种变体基因组成:B基因和b基因。如果拉布拉多的基因中包含两个b基因,那么它将拥有巧克力色的皮毛。

巧克力色的拉布拉多与其他颜色的拉布拉多在外观上有着明显的差异。它们的毛色呈现出温暖的巧克力色调,并且眼睛和鼻子通常也呈现出巧克力色。然而,并非所有的拉布拉多都携带着巧克力基因,因此巧克力色的拉布拉多在品种中相对较少见。

混合基因与独特外观

除了纯种的黑色、黄色和巧克力色拉布拉多之外,还存在着许多混合基因的拉布拉多。这些混合基因导致了各种各样的外貌特征,使每只拉布拉多都独特而与众不同。

例如,如果拉布拉多携带着黑色基因和黄色基因,那么它可能具有棕色的眼睛、棕色的毛尖或其他与纯种拉布拉多不同的特征。这种混合基因使得每只拉布拉多都有自己独特的魅力,让人们更加喜欢这个品种。

基因测试与了解拉布拉多

了解拉布拉多的颜色基因图鉴对于狗主人和潜在的狗主人来说是非常重要的。通过基因测试,我们可以更好地了解拉布拉多背后的基因组合,预测它们的皮毛颜色和外貌特征,并更好地理解不同基因型之间的差异。

此外,基因测试还可以帮助繁育者制定更好的繁育计划,避免一些基因缺陷的传递,以及选择出最适合繁育的搭配。基因测试为狗主人和繁育者提供了更多的信息,使他们能够做出更好的决策,为拉布拉多提供更好的照顾和繁育环境。

结论

通过探索拉布拉多的颜色基因图鉴,我们可以更好地理解和欣赏这一受欢迎的狗狗品种。拉布拉多的皮毛颜色由黑色基因、黄色基因和巧克力基因决定,不同的基因组合导致不同的外貌特征。

基因测试为我们提供了更深入的了解,预测拉布拉多的外貌特征,并帮助繁育者做出更好的决策。无论是作为家庭宠物还是繁育者,了解拉布拉多的颜色基因图鉴对于我们提供更好的照顾和繁育环境至关重要。

四、基因工程电泳图怎么看?

1.需要了解目的条带是多大,mark的条带是多大,看你的基因大小是否符合。

2.目的条带是否清晰,有无拖尾等现象,mark跑的是否清晰,能否表征你条带的大小。

3看了图后判定是否可以跑久一点,matk 不清晰的话就会分不清,条带要清晰的,但离点样孔的位置好的话可以跑久一点,就看的比较清楚了。

五、拉布拉多都有基因缺陷吗?

答案是的,拉布拉多犬因为先天基因缺陷,导致它特别能吃,很多拉布拉多犬都受肥胖症的影响。吃得多难免就会出现腹泻的情况,有些主人就会认为自己的狗子就是吃多了。

拉布拉多受凉拉稀

天气的变化是比较大的,而且在夏季的时候会开空调,那拉布拉多如果是长时间吹空调,这样是会受凉的,平常拉布拉多喜欢趴在地板上,地板上是比较凉的,所以容易受凉拉稀。拉布拉多受凉那要注意给拉布拉多做好保暖工作,将狗窝铺好衣服或者是垫好垫子,保持温暖,这样拉布拉多就不会那么容易受凉了。

六、怎么看待“基因编辑婴儿”?

我个人感觉,如果基因编辑婴儿被允许的话,那么有钱有势的能享受这项技术的人的后代会越来越优秀。工人,上班族,做小买卖的等等普通百姓的后代就再也没有任何竞争力了。

七、音乐基因怎么看?

人因为先天基因不同,就会有特长点不同,确实会有五音不全的人,也确实有音乐天赋的人。有人生下来嘴就会说,有的人看一遍就会开车,有人天生对数字敏感,有人天生过目不忘等等,这就是天赋所在。

对于音乐,假如你有爱好,坚持不懈的学习和努力,一定程度上确实能提高提升,这一切都是建立在喜好的基础,也就是反复的练习、反复的揣摩。

八、基因检测中凝胶电泳图怎么看,急求?

1.需要了解目的条带是多大,mark的条带是多大,看你的基因大小是否符合。

2.目的条带是否清晰,有无拖尾等现象,mark跑的是否清晰,能否表征你条带的大小。

3看了图后判定是否可以跑久一点,matk 不清晰的话就会分不清,条带要清晰的,但离点样孔的位置好的话可以跑久一点,就看的比较清楚了。

九、转基因大豆与非转基因大豆区别图?

1、非转基因大豆和转基因大豆产量不同: 为什么现在转基因的大豆与大豆有那么多?其实就是因为转基因的大豆产量是非转基因的数倍。正因如此,转基因大豆才收到很多种植机构或者种植户的青睐。 但是在另一方面,转基因的大豆的营养并没有非转基因的大豆要高,但这也是非常可惜的一点;

2、发芽的能力不同: 我们只要用水浸泡大豆三天,就能够从发芽程度上进行判断。转基因大豆是不会发芽的,只会变得个体膨胀;而非转基因大豆就能很清晰的看到芽苗生长出来。

3、大豆虫蛀程度不同: 由于转基因大豆转入了抗虫、抗药的基因,所以转基因的大豆通常形态整洁,几乎看不到任何虫蛀痕迹。而非转基因若是保存不当便容易生虫。

4、颜色不一样: 转基因大豆与非转基因大豆的颜色更是不一样,转进大道呈现亮黄色,非转基因大豆呈现淡黄色,那么我们在购买与使用的时候,一定要分清楚两种大豆的区别;

5、大小不一样: 还有一点就是大小不一样,转基因大豆要普遍比非转基因的大豆大,因为是人工培植,其内部的营养成分以及基因和非转基因不一致,转基因生产的大豆会更加的饱满。 来源:——非转基因大豆 来源:——转基因大豆

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赞1、非转基因大豆和转基因大豆产量不同: 为什么现在转基因的大豆与大豆有那么多?其实就是因为转基因的大豆产量是非转基因的数倍。正因如此,转基因大豆才收到很多种植机构或者种植户的青睐。 但是在另一方面,转基因的大豆的营养并没有非转基因的大豆要高,但这也是非常可惜的一点;

2、发芽的能力不同: 我们只要用水浸泡大豆三天,就能够从发芽程度上进行判断。转基因大豆是不会发芽的,只会变得个体膨胀;而非转基因大豆就能很清晰的看到芽苗生长出来。

3、大豆虫蛀程度不同: 由于转基因大豆转入了抗虫、抗药的基因,所以转基因的大豆通常形态整洁,几乎看不到任何虫蛀痕迹。而非转基因若是保存不当便容易生虫。

4、颜色不一样: 转基因大豆与非转基因大豆的颜色更是不一样,转进大道呈现亮黄色,非转基因大豆呈现淡黄色,那么我们在购买与使用的时候,一定要分清楚两种大豆的区别;

5、大小不一样: 还有一点就是大小不一样,转基因大豆要普遍比非转基因的大豆大,因为是人工培植,其内部的营养成分以及基因和非转基因不一致,转基因生产的大豆会更加的饱满。 来源:——非转基因大豆 来源:——转基因大豆

十、拉布拉多喂食表图?

两个月的拉布拉多还属于幼犬,就在这个期间不能跟成犬一样直接吃狗粮,而且喂养次数方面也会出现区别。对于这个阶段的拉布拉多而言,它喂养的食量差不多是在150到200克左右,每天喂养三次,如果它的大便次数是三到四次,排便软硬度合适,就意味着喂养的分量很合适。如果便便偏软,排便的次数是四到五次左右,这就意味着吃的比较多,需要适当减少分量。吃的分量不能太多了,否则很容易让它出现发胖的情况,甚至还会引发其他的并发症。如果发现它比较肥,需要适当增加活动量。

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